Enfant d'un père guyanais et d'une mère vietnamienne, se définissant comme « un pur produit de la colonisation », Bernardo Montet vit quatorze années au Tchad avant de venir faire ses études de psychomotricité à Bordeaux où il s'initie à la danse classique. Il découvre alors la danse moderne et contemporaine. Il fait un passage à la Mudra de Bruxelles dirigée par Maurice Béjart puis rencontre, en 1979, la chorégraphe Catherine Diverrès avec qui il va fonder une compagnie, Le Studio DM (pour Diverrès/Montet). En 1982, ils partent ensemble au Japon, pour travailler avec un maitre du Buto, Kazuo Ohno, inspirant l'un de leurs premiers spectacles, Instances. Leur collaboration fructueuse aboutira à la création de nombreux spectacles en commun de 1983 à 1998. Il écrit son solo fondateur Pain de singe en 1987. Avec Catherine Diverrès, il codirige le Centre chorégraphique national de Rennes de 1994 à 1998.

De 2000 à 2003, il est artiste associé du Quartz de Brest. En juin 2003, Bernardo Montet prend la direction du Centre chorégraphique national de Tours, succédant à Daniel Larrieu.

Il a par ailleurs participé à la mise en chorégraphies de scènes du film de Claire Denis, Beau Travail sorti en 2001.